時は産業革命のさなか。ある街に、一人の青年が暮らしていた。
決して大きくも無く、小さくも無いその街で、彼は「虹をかけること」を生業にしていた。
そんな彼は、ひょんなことから廃院が決まった孤児院の３人の少女を引き取ることになった。
そして、ただ穏やかに遠くを見つめる青年と、彼を慕う３人のメイド達の新たな生活が始まった。

人が翼を手に入れたとき、
人は、人であろうと願った。
少年はただ一人、天使になることを願った。
やがて空へ旅立つ少年。その先にあるものは・・・。

聖杯を壊し、無事に戻ってきた士郎、凛、そしてセイバー。それを暖かく迎える桜。
再び平穏な日常が訪れたかに思えたが、それは凛の一言でもろくも崩れる。
「士郎は私のモノなんだから！」
今ここに、少女たちの新たな聖杯戦争が始まる・・・？？？

熱を出して寝込む士郎と、それを優しく看病する桜。
彼女は、久しぶりに訪れた二人きりの時間を、心ゆくまで楽しんだ。
あの戦いを終え、自分に訪れた幸せを噛み締めながら。

目を覚ますと、彼女は「違うモノ」になっていた。そして気づく。それはあのヒトに近づいたことでもあることを。
死徒となった弓塚さつきは、ある場所を目指した。
「困ったときには必ず助けるから。」そう言ってくれたあのヒトのもとへ。
だが、そこに彼女の救いはあるのだろうか？

「ほら、起きなさい。」
そう言って志貴を優しく（？）起こしたのは、彼の先生であり、稀代の魔術師である蒼崎青子。
その夜、遠野志貴は姿を消す。それを知ったアルクェイド、秋葉、シエルの３人による「遠野志貴救出隊（ただし協力は救出の直前まで。後は早い者勝ち。）が結成された。
はたして彼女たちは、無事遠野志貴を救出できるのか！？

人と魔の戦いが激しくなる中、世界に一つの転機が訪れる。
魔王交代。
結末に向かうと思われた流れは、新たな方向へ向きを変える。
その時、人は、魔物は、魔人は、そして魔王は何を求めるのだろう。

騒乱は終結しても、相変わらず仕事に追われるハクオロ。
そんな彼の元に、ベナウィは新たな難題を持ち込む。
頭を抱えるハクオロをよそに、彼を取り巻く色とりどりの花は、それぞれの思惑で動き始める。
さて、その結末は？

「あなた、本当に知らないの？」
そう言われて、アイシャは大慌て。自分とフォスターの絆が、クレア達に比べてずっと細いのではないかと。
拗ねるアイシャ。だが、彼女は気づいていないだけ。
自分にも、他の誰にも真似できないフォスターとの絆があることに。

「懐かしいわね。ほんの１年来なかっただけなのに。」
身請けされてから１年。アイシャは再びドレッドの屋敷、今はクレアとフォスターの屋敷を訪れる。
そこで昔と同じように、フォスターと一夜を明かすアイシャ。
夜が明け、彼女を待っていたものは・・・。